主功能4 Structure Editor 包含了几个结构操作的小工具。
=================== Structure Operations ========================
400) Redefine Lattice
401) Build Supercell
402) Fix Selected Atoms
403) Move Selected Atoms
404) Delete Selected Atoms
405) Swap Axis of Lattice Vectors
406) Sort Atom Coordinates in the Specified Direction
407) Apply Random-Displacement on Selected Atoms
408) Rotate Lattice Vector
409) Remove Spurious Lattice-Distortion after Optimization
=================== Structural Format Options ===================
411) POSCAR with Cartesian Coordinates
412) POSCAR with Fractional Coordinates
413) CIF (POSCAR.cif)
414) ATAT (lat.in) (experimental)
415) XCrySDen (POSCAR.xsf)
416) Quantum-Espresso (pwscf.in)
417) Elk (elk.in)
418) Siesta (POSCAR.fdf)
419) PDB Format (POSCAR.pdb)功能401用于结构扩胞，新版本进行了改进，在扩胞后能够保留原有结构中的Selective Information，也就是原子的位置限制信息。以纤锌矿ZnO的0001面结构为例。在优化过程中固定了底部的三层（Zn-O双层）和钝化氢，而放开表面的三层（Zn-O双层）弛豫模拟表面。扩胞时，在x,y方向上的同层原子的位置固定信息将会一致。
ZnO-1811117
1.00000000000000
3.2890999317000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000
-1.6445499659000000 2.8484440965000002 0.0000000000000000
0.0000000000000000 0.0000000000000000 31.0000000000000000
O Zn H
6 6 1
Selective dynamics
Direct
0.6666700244773196 0.3333300053761477 0.1505069039677451 F F F
0.6666716924670117 0.3333278011868069 0.3220708624919105 T T T
0.6666726846730975 0.3333236596434402 0.4952603515620634 T T T
0.3333300053138402 0.6666700242891679 0.0649169839032240 F F F
0.3333300053138402 0.6666700242891679 0.2361085000000003 F F F
0.3333199694428693 0.6666773648761363 0.4080366153030212 T T T
0.6666700244773196 0.3333300053761477 0.0855899113548375 F F F
0.6666700244773196 0.3333300053761477 0.2567814361612903 F F F
0.6666745852439349 0.3333222632901633 0.4277261402910583 T T T
0.3333300053138402 0.6666700242891679 0.1711915073870998 F F F
0.3333495480118175 0.6666503610072737 0.3422927302063438 T T T
0.3333226658022473 0.6666735134936482 0.5114804524358304 T T T
0.3353480398005857 0.6659931540629387 0.0310253291612881 F F F功能402在表面模拟中非常有用。功能402会自动根据原子的Z方向坐标进行分层，提示用户输入需要固定的底部几层原子，就会输出底部固定，表面放开的结构文件。
同样以纤锌矿ZnO的0001面为例，我们想固定底部4层（Zn-O双层），只放开表面两层。启动VASPKIT,输入4选择功能Structure Manipulator，在下一个界面输入402选择Fix atoms (FFF) by Layers。
+---------------------------------------------------------------+
| Selective Dynamics is Activated! |
+---------------------------------------------------------------+
Found 7 layers, choose how many layers to be fixed提示CONTCAR在Z方向有7层原子，我们选择5层（包含最后一层钝化氢），就会生成CONTCAR_fix。可以看到已经达到了我们的需求。
1.6445664829999989 0.9494718860000013 4.6657140230000982 F F F
1.6445755940842863 0.9494656074898858 9.9841967372492260 F F F
1.6445856685242579 0.9494538105351326 15.3530708984239652 T T T
-0.0000164679999908 1.8989722949999921 2.0124265009999438 F F F
-0.0000164679999908 1.8989722949999921 7.3193635000000095 F F F
-0.0000615489445641 1.8989932042516069 12.6491350743936568 T T T
1.6445664829999989 0.9494718860000013 2.6532872519999624 F F F
1.6445664829999989 0.9494718860000013 7.9602245209999989 F F F
1.6445942160644029 0.9494498331008844 13.2595103490228077 T T T
-0.0000164679999908 1.8989722949999921 5.3069367290000935 F F F
0.0000801471361600 1.8989162852407626 10.6110746363966584 F F F
-0.0000463465581788 1.8989822338038955 15.8558940255107430 T T T
0.0077341959999959 1.8970442679999928 0.9617852039999312 F F F 有时候对于复杂的体系，很难通过选择层达到我们的目的，在刘锦程的建议下，开发了功能403，通过选择高度区间固定原子。通过在其他可视化软件中确定需要固定的原子层所处的高度区间，在VASPKIT中选择高度区间固定原子。vaspkit/utilities/目录下有该功能的扩展脚本POSCARtoolkit，可以实现对部分原子固定或弛豫的功能。
功能729,MD Trajectories of Selected Atoms with PDB Format能够将分子动力学、普通优化，晶格优化过程中XDATCAR记录的离子步转化成可以可视化的多帧PDB文件。VMD，OVITO等可视化软件只能可视化分子动力学、普通优化的离子步，对于晶格优化（ISIF=3）的XDATCAR只能查看第一帧结构。而VASPKIT生成的XDATCAR.pdb同样可以由VMD查看离子步的优化过程。
如果您使用VASPKIT，请记得引用哦！
V. Wang, N. Xu, J.-C. Liu, G. Tang, W.-T. Geng, VASPKIT: A User-Friendly Interface Facilitating High-Throughput Computing and Analysis Using VASP Code, Computer Physics Communications 267, 108033, (2021), https://doi.org/10.1016/j.cpc.2021.108033
欢迎关注VASPKIT公众号。
「感觉有帮助？一键投喂 牛奶/咖啡/冰阔乐！」
VASPKIT
(๑＞ڡ＜)☆哇~太棒了！
使用微信扫描二维码完成支付
